Cousin It, Mr. Brightside 4. Меркјуријева смрт и задњи албуми
1988 година, чланови су се поново окупили, након њихових соло пројеката, поново ушли у студио и направили миракл. Албум „The Miracle“ је издат 1989 године. Албум је пратио музу претходног илити добили смо још један поп-рок албум са кога ће се изродити хитови: „I Want It All“, „Breakthru“, „The Invisible Man“, „Scandal“, и „The Miracle“. Queen је објавио да неће бити турнеје за овај албум,са изјавом Меркјурија да је он разлог за то. Изјавио је да је уморан од стандарне албум – турнеја путање. Такође су почели да круже трачеви о томе да је група пред распадом, и да Фреди има здравствене проблеме. The Miracle је такође приказао нови начин писања песама. Од кад су почели да свирају, скоро све песме је радио само један члан, док би остали гледали са стране или додавали минимум, односно нису само помагали текстописцу да боље схвати своју визију. Сада су се много више међусобно помагали. И поред чињенице да је свака песма била писана од стране једног члана у већини, они су говорили да је за сваку заслужна цела група Queen.
Од почетка 80-их, у таблоидима су почели трачеви о томе да Фреди болује о сиде. Иако се испоставило да су трачеви истина, Меркјури их је за живота негирао. Било како било бенд је упркос њима наставио да прави музику уједињени као и увек. Почевши од The Miracle и настављајући са Innued-ом из 1991. Иако му је здравствено стање било грозно, Фред је радио креативније него икада. Боље песме са овог албума биле су жестока „Headlong“, поповска „I'm Going Slightly Mad“, и оне са „порукама“ које су описивале став бенда: „The Show Must Go On“ и „These Are the Days of Our Lives“. Касније група је издала нову компилацију, „Greatest Hits II“.
Двадесет и трећег новембра 1991, у припремљеном говору на његовој самрти, Меркјури је коначно потврдио да болује од сиде. За мање од 24 сата од његове изјаве Фреди је умро са 45 година живота. Његова сахрана је била приватна и у складу са обичајима Зороастријанске вере његове породице. „Bohemian Rhapsody“ је поново објављена, заједно са „These Are the Days of Our Lives“. Сва зарада од продаје синглова – око 1.000.000 фунти – је донирана фонду Terrence Higgins Trust.